本發明公開了一種藍藻門微囊藻水華中出現硅藻生長的培養方法,先從發生藍藻門微囊藻屬水華的水體中,通過濾網濃縮和自來水稀釋獲得藍藻水華,控制藍藻水華水體的初始葉綠素a濃度為310~500μg/L,總氮(TN)濃度為11.0~16.5mg/L,總磷(TP)濃度為0.85~1.40mg/L;將該藍藻水華放入敞口容器內并在遮光環境中進行空氣曝氣,曝氣量為0.3~0.5m3/h,環境遮光率為室外自然光照的80%~85%,敞口容器內水體溫度為19~36℃,培養1~100天,藍藻水華中出現硅藻生長。上述方法利于增加藍藻水華中硅藻優勢,提高藍藻水華水體被魚類濾食的營養價值以及水體藻類多樣性,減少藍藻危害。