本實用新型涉及一種深海變水層測溫取水系統,包括一取水管、至少一液壓吊機、中央控制單元;取水管上端與船體通過滑塊軌道結構連接,滑軌設置在船體外板上,滑塊可沿著滑軌上下滑動,底部設有限位塊,船體外板底部開孔周圍設有密封圈;取水管下端的取水口處設置第一溫度傳感器;養殖水艙內設置第二溫度傳感器;用于取水的海底閥箱通過閥門Ⅰ與養殖水艙連通,閥門Ⅰ的進水前端設有水泵;海底閥箱處設有第三溫度傳感器;取水管上端出水口通過閥門Ⅱ與水泵前端連通;所述中央控制單元與閥門Ⅰ、閥門Ⅱ以及第一、第二、第三溫度傳感器分別信號連接。本實用新型實現對養殖水艙內海水的溫度全自動控制,控制精度高;節省了人力,避免了手動控制的誤操作等。