本實用新型提供了一種利用通氣加壓實現多層養殖的船載養殖系統,在船載養殖艙內自下而上依次設置有若干個相對獨立的封閉養殖氣室,船載養殖艙側壁在不同高度處對應各個養殖氣室開設置有若干組進水管路和排水管路,進水管路以及排水管路的一端與外部水域相連,另一端設于各養殖氣室中;該些封閉養殖氣室以外部的水域液面為界劃分為第一養殖氣室第二養殖氣室,第一養殖氣室與大氣連通,第二養殖氣室的內部氣壓高于第一養殖氣室的內部氣壓,且第二養殖氣室的深度越深內部氣壓越大。本實用新型提高了單位面積內的養殖氣室數量,同時合理的調節了養殖艙的寬深比,通過通氣保壓的方式,降低了進水泵的揚程,進而降低了泵功率,節約能源消耗。